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Karl Brandt (rechts) während des 12. Nürnberger Nachfolgeprozesses („Nürnberger Ärzteprozess“), August 1947, Quelle: Bundesarchiv, Bild 183-19000-0722 / Fotograf(in): unbekannt.

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Brandt zog mit seinen Eltern nach Ende des Ersten Weltkriegs und der Wiedereingliederung des Elsass in den französischen Staat nach Thüringen, dann nach Dresden und legte hier 1923 das Abitur ab. Anschließend studierte er bis 1928 Medizin an den Universitäten in Jena, Freiburg im Breisgau, München und Berlin. 1929 wurde er bei Carl Noeggerath (1876–1952) an der Universität Freiburg im Breisgau zum Dr. med. promoviert. Von 1928 bis 1933 absolvierte er eine Ausbildung zum Facharzt für Chirurgie am Krankenhaus Bergmannsheil in Bochum unter Professor Georg Magnus (1883–1942). Als Magnus an die Charité in Berlin berufen wurde, folgte Brandt ihm als Assistent; 1934 wurde er zum Oberarzt ernannt, 1940 zum Professor.

Obwohl es außer entsprechenden Behauptungen Brandts während des Nürnberger Ärzteprozesses 1946/47 keine Belege gibt, findet sich in Teilen der Sekundärliteratur die Annahme, dass Brandt Anfang der 1930er Jahre Kontakt mit dem Missionsarzt Albert Schweitzer (1875–1965) hatte und geplant habe, als Mitarbeiter an dessen Urwaldlazarett in Lambarene (Französisch-Äquatorialafrika, heute Lambaréné, Gabun) tätig zu werden.

Über seine Verlobte Anna Rehborn (1904–1986), eine von Adolf Hitler (1889–1945) bewunderte deutsche Leistungsschwimmerin, lernte Brandt 1932 Hitler kennen. Im März 1932 trat Brandt in die NSDAP ein, im Februar 1933 in die SA. Im Juni 1934 wurde er zum Begleitarzt Hitlers ernannt, um ihn bei allen Ausflügen und Reisen zu begleiten. Im Juli 1934 trat Brandt in die SS über, in der er im April 1944 als SS-Gruppenführer und Generalleutnant der Waffen-SS seinen höchsten Rang erreichte.

In einem auf den 1. September 1939 zurückdatierten Schreiben Hitlers wurde Brandt gemeinsam mit dem Leiter der „Kanzlei des Führers“, Philipp Bouhler (1899–1945), beauftragt, ausgewählten Ärzten die Möglichkeit zu geben, „unheilbar Kranken“ den „Gnadentod […] zu gewähren“. Dieses Schreiben war Ausdruck der zuvor eingeleiteten Planung und Organisation für eine systematische Vernichtung von „lebensunwertem Leben“ und diente gegenüber dem beteiligten Personal als Rechtfertigung für die Zulässigkeit der Tötungen. Deren Umsetzung erfolgte für Kinder und Jugendliche sowie für Erwachsene in verschiedenen Organisationsformen, wobei Brandt mit der „Kanzlei des Führers“ die Verantwortung für die oberste Aufsicht hatte, auch wenn konkrete Entscheidungen teils auf lokaler Ebene erfolgten.

Im Juli 1942 ernannte Hitler Brandt zum Bevollmächtigten für das Sanitäts- und Gesundheitswesen, im September 1943 zum Generalkommissar und im August 1944 zum Reichskommissar, verbunden mit der Aufwertung seiner Dienststelle zu einer Obersten Reichsbehörde. Brandt war damit berechtigt, allen anderen Dienststellen des Staats, der Partei und der Wehrmacht, die sich mit Fragen des Sanitäts- und Gesundheitswesens befassten, Weisungen zu erteilen.

Nach Beginn der Bombardierung Deutschlands durch die Alliierten war Brandt seit Herbst 1941 für Planung und Bau von „Krankenhaus-Sonderanlagen“ in der Peripherie gefährdeter Großstädte verantwortlich, um zusätzliche Krankenhauskapazitäten zu schaffen. Seit Juni 1943 veranlasste er die Räumung sämtlicher Heil- und Pflegeanstalten der besonders gefährdeten Gebiete und die Verlegung der Patientinnen und Patienten in andere Anstalten, wo ein großer Teil der Betroffenen getötet wurde („Aktion Brandt“).

Brandt hatte während des Zweiten Weltkriegs eine erhebliche Mitverantwortung für erzwungene medizinische Forschungen an Menschen, z. B. für Sulfonamid-Experimente an Häftlingen des Konzentrationslagers Ravensbrück (1942/43), für Hepatitis-Experimente im Konzentrationslager Sachsenhausen (1943) und für Versuche mit chemischen Kampfstoffen im Konzentrationslager Natzweiler-Struthof (1942–1944).

Durch Brandts raschen Aufstieg im engsten Kreis um Hitler entstanden Rivalitäten und Konflikte, die in eine Gegnerschaft insbesondere zu Martin Bormann (1900–1945) und Joseph Goebbels (1897–1945) mündeten. Am 16. April 1945 wurde Brandt wegen des Vorwurfs, Kontakt zu den US-Truppen gesucht zu haben, auf Anordnung von Hitler durch Mitglieder der SS verhaftet, am nächsten Tag erfolgte vor einem Standesgericht die Verurteilung zum Tod. Die Vollstreckung wurde mehrfach verschoben, am 3. Mai kam es auf Veranlassung von Rüstungsminister Albert Speer (1905–1981) zur Freilassung.

Am 23. Mai 1945 von britischen Truppen in Flensburg verhaftet, war Brandt als ranghöchster Mediziner in der Endphase des Nationalsozialismus Hauptangeklagter bei dem von der US-amerikanischen Militärbehörde seit Dezember 1946 durchgeführten Nürnberger Ärzteprozess. Im Lauf des Verfahrens zeigte er kein Bedauern, sondern stilisierte sich zu einem Idealisten, dem es nur um das Wohl des deutschen „Volkskörpers“ gegangen sei. Am 20. August 1947 wurde er zum Tod durch Erhängen verurteilt und am 2. Juni erfolgte die Vollstreckung des Urteils.