Als Sohn eines bedeutenden deutsch-baltischen Physikers und Mineralogen wurde Kupffer 1853 in St. Petersburg geboren, erhielt seine schulische Erziehung seit 1862 in Deutschland. Nach dem Besuch von Gymnasien in Dresden und Bautzen studierte er seit etwa 1870 Medizin und Literatur, ohne einen Abschluss zu erlangen. 1875 ging Kupffer in die USA, wo er in New York City als Mitglied des U.S. Coast Survey, einem Zweig der Bundesmarine, bei der Küstenvermessung tätig war. Er bereiste die US-amerikanischen Südstaaten, speziell Florida, und publizierte seine Erfahrungen in literarischen Zeitschriften, u. a. der „Deutschen Roman-Zeitung“.

Von 1875 bis 1878 arbeitete Kupffer als redaktioneller Mitarbeiter der auflagestarken, von James Gordon Bennett Jr. (1841–1918) verlegten Zeitung „New York Herald“, 1878/79 als Korrespondent der Nachrichtenagenturen Reuters und Wolffs Telegraphisches Bureau. Kupffer erwarb in dieser Zeit nicht nur das Wissen um journalistische Arbeitsweisen, sondern entwickelte auch ein neues berufliches Selbstverständnis: Nach US-amerikanischem Vorbild sollte die Presse informativ und unterhaltsam zugleich sein, eine verständliche, volksnahe Sprache nutzen und sich durch „Human Interest“-Themen ein Massenpublikum erschließen.

1879 nach Deutschland zurückgekehrt, war Kupffer von 1880 bis 1882 Redakteur der Berliner Zeitschrift „Neuzeit‟ und wechselte im Oktober 1883 zum „Berliner Lokal-Anzeiger“ (BLA) aus dem Konzern des Verlegers August Scherl (1849–1921). Kupffer war über 45 Jahre lang Chefredakteur der Zeitung und formte sie zu einem der meistgelesenen Blätter im Deutschen Reich. In den 1890er Jahren erreichte der damals mehrmals täglich erscheinende BLA seine größte Reichweite, musste sich um die Jahrhundertwende gegenüber neuer Konkurrenz wie Ullsteins Boulevardzeitungen „Berliner Morgenpost“ und „B.Z. am Mittag“ behaupten und erzielte auch in der Weimarer Republik beständig Auflagen im höheren sechsstelligen Bereich.

Unter dem Einfluss Kupffers entwickelte sich der „Berliner Lokal-Anzeiger“ zum Prototyp der deutschen Massenpresse. Dazu trugen insbesondere die „Reporterstreifzüge“ – lebensnahe Reportagen, die durch Recherchen vor Ort v. a. die Peripherie Berlins erkundeten – sowie Kupffers alltagspraktische Kommentare unter dem Titel „Berliner Beobachter“ bei. Er etablierte professionelle journalistische Kommunikationsformen, die der Leserschaft neutrale Standpunkte boten.

Die politische Einstellung Kupffers, der in seinen Kolumnen auf tagespolitische Stellungnahmen verzichtete, ist schwer einzuschätzen. Persönlich einer eher liberal-kosmopolitischen Orientierung folgend, trug er als Chefredakteur die regierungsfreundliche und kaisertreue Linie des konservativen Verlegers Scherl mit. Nach der Übernahme des BLA 1916 durch den deutschnationalen Medienunternehmer und Politiker Alfred Hugenberg (1865–1951) fügte sich Kupffer später dessen agitatorisch-republikfeindlichen Kurs.

Durch vielfältige Verbandsaktivitäten, u. a. als Vizepräsident des World’s Press Parliament 1904, repräsentierte Kupffer die sich im frühen 20. Jahrhundert auch in Deutschland manifestierende Professionalisierung seines Berufsfelds. Die politische Relevanz der Massenkommunikation und ihren Einfluss auf öffentliche Stimmungen erkennend, betonte er die gesellschaftliche Verantwortung der Presse und forderte eine möglichst objektive Darstellung von Informationen. Auch wenn Kupffer diesem professionellen Anspruch unter der Ägide Hugenbergs nicht immer gerecht wurde, gehört er zu den Wegbereitern eines modernen Journalismus in Deutschland.