Brunner besuchte von 1907 bis 1916 die Primar- und Sekundarschule in Mettmenstetten (Kanton Zürich), absolvierte eine Lehre als Bauschreiner in der Werkstatt des Vaters und arbeitete seit 1919 als Schreinergeselle. Von 1923 bis 1925 besuchte er für zwei Semester die von Carl Maibaum geführte Schreinerfachschule in Nürnberg sowie für ein Semester die Kunstgewerbeschule in Zürich unter Wilhelm Kienzle (1886–1958). In dieser Zeit wurde Brunner vom Bauhaus-Stil geprägt.

Seit 1925 als Zeichner für Innenausbau in Luzerner Werkstätten und Architekturbüros tätig, wurde Brunner 1936 arbeitslos und im Rahmen eines Beschäftigungsprogramms mit Maßaufnahmen kunsthistorischer Baudenkmäler beauftragt. Im selben Jahr ging er auf Vermittlung seines Bruders Werner als Fotoreporter zum Regina-Verlag, für den er bis in die frühen 1960er Jahre freiberuflich tätig war. Von 1942 bis 1945 leistete Brunner Militärdienst bei der Fliegerabwehrbatterie 311. Aus dieser Zeit sind zahlreiche Fotografien Brunners überliefert, die innerhalb der politisch-kulturellen Bewegung der „Geistigen Landesverteidigung“ zu verorten sind.

Brunner belieferte den Regina-Verlag pro Jahr mit durchschnittlich 800 Fotografien, die v. a. Menschen in ihrem Alltag, gesellschaftliche Anlässe, Hand- und Bauwerksdokumentationen zeigen und die hauptsächlich in den auflagenstarken Illustrierten „Schweizer Heim“ und „Schäublis illustrierte Zeitung für die Schweizer Familie“ (seit 1960 „Schweizer Familie“) gedruckt wurden. Brunner entwickelte als Autodidakt ein eigenständiges Verständnis für Aufnahmeperspektiven und Bildkompositionen. In den knapp 25 Jahren seiner fotografischen Tätigkeit entstanden rund 47 800 Aufnahmen, die sich durch einen akribischen, dokumentarischen Blick auszeichnen und Veränderungen in der Schweizer Gesellschaft festhalten, sowohl im ländlichen wie auch im städtischen Umfeld.

In den 1950er Jahren beteiligte sich Brunner, basierend auf Kontakten v. a. zu dem Zürcher Professor für Volkskunde Richard Weiss (1907–1962), am Aufbau der Bauernhausforschung der Schweizerischen Gesellschaft für Volkskunde und wurde 1954 nebenamtlicher Leiter der Bauernhausforschung des Kantons Luzern. Mit Akribie und Ausdauer studierte und dokumentierte er historische Bautechniken, Haustypen und Details. Unterstützt von Studierenden, veröffentlichte er 1977 die Dokumentation „Die Bauernhäuser im Kanton Luzern“, die über 500 untersuchte Gebäude, 24 000 ausgefüllte Aufnahmeblätter, 4800 Bilder und 6800 Fotografien beinhaltet.

In den 1960er Jahren richtete sich Brunners Aufmerksamkeit zunehmend auf landwirtschaftliche Geräte und Baufragmente. Als Mitglied der Vereinigung für Luzernische Bauernhausforschung sorgte er dafür, dass eine Sammelstelle für materielle Zeugnisse bäuerlicher Kultur eingerichtet wurde, aus der 1974 das Schweizerische Agrarmuseum in Burgrain hervorging.